К началу войны с Японией в состав Амурской флотилии входили 4 бригады речных кораблей, Сретенский отдельный дивизион речных кораблей, Ханкайский и Уссурийский отдельные отряды бронекатеров — всего 31 БКА проекта 1124 и 2 — пограничной охраны (К-86, К-89), в оперативном подчинении флотилии. По отрядам и бригадам эти бронекатера были распределены следующим образом:
— 1-й отряд БКА, 1-й бригады речных кораблей: БК-11, № БК-12, БК-14, БК-23; 5-й отряд БКА: БК-20 и БК-47;
— 2-й отряд БКА 2-й бригады речных кораблей: БК-13, БК-21, БК-22, БК-24; 3-й отряд БКА: БК-51, БК-52, БК-53, БК-54;
— 1-й дивизион БКА Зее-Бурейской бригады речных кораблей: БК-41, БК-42, БК-43, БК-44, БК-45, БК-46, БК-55, БК-56; 2-й дивизион БКА: БК-61, БК-62, БК-63, БК-64;
— 1-й отряд БКА Сретенского отдельного отряда речных кораблей: БК-15, БК-48;
— Ханкайский отдельный отряд БКА: БК-25, БК-65, БК-66.
Флотилией командовали: вице-адмирал Ф.С. Октябрьский (июнь 1943 — март 1944 г.); контр-, а затем вице-адмирал П.С. Абанькин (август 1940 — июнь 1943 г, март-сентябрь 1944 г.); вице-адмирал Ф.С. Седельников (сентябрь 1944— июль 1945 г.); контр-адмирал Н.В. Антонов (июль 1945— октябрь 1948 г.); капитан 1 ранга А. И. Цыбульский (октябрь 1948 — январь 1949 г.); вице-адмирал В.Г. Фадеев (январь 1949 — февраль 1951 г.); контр-адмирал Г.Г. Олейник (февраль 1951 — ноябрь 1953 г.); контр-адмирал А.А. Ураган (январь 1954 — сентябрь 1955 г.).
В ходе Маньчжурской операции 1945 года БКА проекта 1124 обеспечивали перевозки, форсирование рек Амур, Уссури и Сунгари, высаживали тактические десанты. Совместно с частями 2-го Дальневосточного фронта взяли города Сахалян, Айгунь, Фуцзинь, Цзямусы, Харбин.
С началом боев отряд из трех БКА и монитора «Сунь Ят-Сен» вошел в Сунгари и высадил десант. До Харбина эти корабли двигались в авангарде Амурской военной флотилии. Головной БК-47 первым атаковал гарнизоны противника, высаживал штурмовые группы, уничтожал огневые точки в тылу японцев, нарушая их коммуникации. У селения Аоцин противник встретил разведотряд сильным ружейно-пулеметным огнем, но небольшой десант одержал победу, захватил большие трофеи и знамя батальона. У селения Хунхэдао БКА пробились в тыл и два часа обстреливали батареи японцев и их пехоту. Утром 20 августа отряд принял капитуляцию Сунгарийской флотилии в Харбине. Подвиги моряков БК-47 отмечены высокими правительственными наградами, на нем поднят гвардейский военно-морской флаг.
В августе 1955 года флотилия переформирована в Краснознаменную Амурскую военно-речную базу ТОФ.
Бронекатер № 13 Амурской военной флотилии, вооруженный 76,2-мм пушками в башнях танка Т-28. 1937 год.
Бронекатера Амурской военной флотилии, вооруженные установками для стрельбы реактивными снарядами.
Носовая башенная установка танка Т-28 одного из бронекатеров Амурской военной флотилии. 1945 год.
16 марта 1947 года в штаб Дунайской военной флотилии (ДВФ) пришла директива ГШ ВС СССР о передислокации кораблей из г. Фюрстенберга (Германия) в Пинск.
Предстояло грандиозное перебазирование 100 боевых кораблей (26 бронекатеров, 9 плавбатарей, 18 катеров-тральщиков, 13 сторожевых катеров, 18 катеров ПВО, одной плавучей зенитной батареи, 15 полуглиссеров) и 199 вспомогательных судов, шести СУ-76, трех зенитных батарей и восьми самолетов связи. При этом для перевозки значительной части имущества по железной дороге использовались пять составов, или так называемые вертушки, сделавших четыре рейса из Фюрстенберга в Пинск (всего 22 железнодорожных эшелона, или 1200 вагонов).
Три эшелона кораблей и судов Дунайской военной флотилии в сложных навигационных условиях послевоенной Европы прошли участки рек: Одер (Фюрстенберг — Кюстрин), Варта (Кюстрин — Царта), Бромбергский канал, Вислу (Бромберг — Модлин) и Западный Буг (Модлин — Брест).
Так в Пинск пришли БКА: № 222, № 223, № 224, № 301, № 302, № 304, № 318, № 319, № 320, № 343, № 371, № 372, № 373, № 374, № 375. Затем 1-ю и 2-ю бригады речных кораблей расформировали. В это же время сформирован 1-й отдельный дивизион бронекатеров.
На 1 января 1949 года в боевом составе Краснознаменной Днепровской флотилии числились следующие бронекатера проекта 1124: № 216, № 217, № 218, № 219, № 326, № 327, № 328, № 344, № 345, № 346, № 347, № 348. Они находились в г. Киеве (ГОН) на консервации.
Бронекатера проекта 1124/11: № 318/310, № 319/311, № 320/312, № 343/397 находились на ремонте в г. Пинске.
В мае 1951 года с расформированием ДВФ 2-й отдельный гвардейский Краснознаменный Бобруйский дивизион бронекатеров, прошедший боевой путь от Сталинграда до Берлина, был передан в состав Дунайской флотилии.
Один из бронекатеров проекта 1124 в базе.
Для обеспечения оккупационного режима в Австрии 26 июня 1947 года 1 — й гвардейский Белградский дивизион бронекатеров переформирован в отдельный и подчинен Командующему Центральной Группой Советских Войск в Германии. Штат дивизиона расширен: штабной корабль, катера-тральщики, береговая база в затоне Кюхенау, судно размагничивания.
Корабли патрулировали по Дунаю, предотвращая минирование фарватера, судов и гидротехнических сооружений. За шесть лет пребывания в Вене моряки обезвредили более 20 диверсионных, бандитских и мародерских групп, потеряв в вооруженных стычках двух офицеров и 17 матросов.